C’est dans ce contexte qu’a lieu le 23 juin 2004 une rafle de grande ampleur dans la zone portuaire de Calais (près de la distribution des repas). Il y aura plusieurs arrestations violentes. Les témoins essaieront de porter plainte pour « violences policières », mais les policiers ne leur ouvriront pas la porte du commissariat. Par défaut des articles et photographies témoignant des arrestations et des méthodes policières seront postés sur indymedia Lille.
Le 19 juillet 2004, la « direction zonale nord CRS » portera plainte contre le site pour insulte et diffamation dans différents articles dénonçant les violences policières. En aout c’est au tour du ministre de l’intérieur de l’époque, Dominique de villepin, de porter plainte pour les même motifs contre le site.
S’en suivront près de deux ans d’enquête pour des flics parisiens. Durant ces deux années ils s’évertueront à chercher qui est le directeur ou la directrice de publication de ce site (qui est seul-e responsable selon la loi de 1881). Ils liront tous les mails de la liste de discussion à la recherche de rapports de subordination, mais manque de pot le collectif fonctionne de manière horizontale. Ils vont donc chercher à savoir qui se cache derrière les différents pseudonymes utilisés au sein du collectif de modération du site indymedia Lille.
Pour y parvenir ils feront des requêtes auprès des différents fournisseurs de services internet - qui leur obéiront - afin d’avoir des logs (informations permettant ou aidant à identifier un-e utilisateur/rice d’internet), et ils seront également aidés dans leurs recherches par un article dans le journal Nord Littoral concernant une des contributrices du site. Cet article dénonce les propos qu’elle tient sur le site ainsi que ses critiques de l’Etat. Le (ou la) journaliste en profite d’ailleurs pour rendre publique son nom, sa fonction et son lieu d’exercice professionnel. Suite à cela les flics viendront une première fois sur Lille pour une série d’interrogatoires. Ils reviendront de nouveau quelques mois plus tard pour une série plus vaste qui débouchera sur des convocations sur Paris et sur la saisie du disque dur d’un ordinateur personnel.
En mars 2006 la juge d’instruction parisienne conclut l’enquête pour la plainte villepiniste par la mise en examen d’un des membres du collectif (qu’ils désigneront artificiellement comme étant le directeur de publication). Puis elle se dessaisit de l’affaire pour un juge boulonnais qui demandera le groupement de cette plainte avec celle de la « direction zonale nord CRS ». Il récupérera donc sur son bureau deux dossiers : l’un, gros de presque 900 pages, constitué pour la plainte de villepin et l’autre, réalisé suite à la plainte de la « direction zonale nord des CRS ».
S’en suivent de nouvelles convocations, puis des va-et-viens entre juge et procureur pour finir par l’annonce il y a une dizaine de jours de la date du procès. Il aura lieu au tribunal correctionnel de Boulogne-sur-mer le 19 avril 2007 au matin.
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